A fekélybetegségek oka elméletben egyszerű: a védőanyagok (mucin, bázikus hidrogén-karbonátok) hiánya és az agresszív anyagok (sósav, pepszin) túlsúlya, azaz felborul a belső egyensúly. Emellett a lelki stresszek okozta vérkeringés-változás miatt egyes helyeken mucinhiány lép fel a gyomor belső felületén.A Helicobacter pylori is ok lehet, bár inkább következmény – a lakosság jelentős része Helicobacter-pozitív, de csak 10-15%-nál alakul ki életük során a gyomorfekély (az egyéb faktorok szerepe nagy).